La Agencia Europea del Medicamento (EMA) establece directrices para evaluar el riesgo toxicológico para la salud humana y las comunidades de aguas subterráneas de los medicamentos veterinarios en las aguas subterráneas. Esto significa que si se utilizan de forma debida y de acuerdo con el etiquetado del fabricante y el prospecto del producto, los medicamentos veterinarios no suponen un riesgo importante para el medio ambiente.

El proceso legislatvio de la UE para la autorización de los medicamentos veterinarios ha sido diseñado para evaluar la seguridad del producto para el medio ambiente antes de aprobar el medicamento. La solicitud de autorización de comercialización de los medicamentos veterinarios debe estar acompañada por datos que evalúan la seguridad del medicamento para el usuario, el animal, el consumidor y el medio ambiente. El dossier de seguridad para un medicamento veterinario tiene que incluir una evaluación del impacto medioambiental (en inglés, Environmental Risk Assessment -ERA-) para que el producto pueda ser autorizado. Este requisito forma parte de la legislación sobre medicamentos veterinarios desde 1992. 

Cuando se determina que el impacto para el medio ambiente es mayor que los beneficios que proporciona el producto, no se concede la autorización.