Tanto en los sistemas ecológicos como los convencionales se pueden prescribir antibióticos para tratar las infecciones bacterianas. El Reglamento de la UE sobre producción ecológica y etiquetado de los productos ecológicos estipula que:
- Cuando un animal sufra una enfermedad, los medicamentos veterinarios alopáticos incluidos los antibióticos pueden utilizarse bajo condiciones estrictas. Esta práctica solo se permite cuando el uso de productos fitoterapéuticos, homeopáticos u otros es inadecuado.
- Está permitido el uso de medicamentos inmunológicos veterinarios, por ejemplo, vacunas. Con excepción de las vacunaciones, los tratamientos antiparasitarios y los programas de erradicación obligatorios, cuando un animal o un grupo de animales reciba más de tres tandas de tratamiento con medicamentos veterinarios alopáticos de síntesis química, incluidos los antibióticos, en un plazo de doce meses (o más de una tanda de tratamiento si su ciclo de vida productiva es inferior a un año), ni los animales afectados ni los productos derivados de ellos podrán venderse como productos ecológicos.
El reglamento también establece que:
- Se prohíben el uso de factores de crecimiento y de aminoácidos sintéticos (téngase en cuenta que el uso de antibióticos como factores de crecimiento está prohibido en TODOS los sistemas de producción ganadera en Europa desde 2006).
- Para la reproducción se utilizarán métodos naturales; sin embargo, se permitirá la inseminación artificial.
- No se permite el uso de hormonas u otras sustancias con efectos similares, salvo como tratamiento terapéutico veterinario en el caso de un animal concreto.